La Unidad de Asuntos Académicos es responsable de la evaluación y seguimiento de los planes de estudio de grado y posgrado y de la oferta académica en sus diferentes modalidades; así como de procesos de evaluación interna y externa.
Las áreas en las que divide su trabajo son:
Gestión y Evaluación Académica: responsable de la programación académica y la información estadística de toda el área académica de la Universidad.
Grado y Posgrado: es responsable de la evaluación y el seguimiento de planes de estudio y programas de las materias de las carreras de grado y posgrado.
Títulos y Diplomas: tramita los títulos de grado y posgrado y las certificaciones de actividades académicas que emita la Universidad.
Biblioteca: responsable de la administración del acervo bibliográfico y desarrollo del fondo documental.
Escuela Secundaria: responsable del diseño e implementación de la escuela secundaria técnica de la UNAJ.
UNAJ virtual: responsable del diseño y desarrollo de los recursos necesarios para la implementación de la educación virtual en la UNAJ.